En 1988, Jacques Chirac se présente à l'élection présidentielle. Confronté à la remontée spectaculaire de François Mitterrand dans les sondages, il se lance dans une tournée dans toute la France pour expliquer sa politique. Au premier tour, il obtient seulement 19,9 % et est talonné à droite par Raymond Barre qui en attire 16,5 %, et se trouve largement distancé par François Mitterrand et ses 34,1 %. Le journaliste Éric Zemmour a rapporté que Jacques Chirac aurait eu une entrevue secrète avec Jean-Marie Le Pen entre les deux tours, ce qu'il a toujours nié. En fait, il y aurait eu deux rencontres selon Franz-Olivier Giesbert. La première se serait déroulée un mois avant le premier tour par l'intermédiaire d'un ami commun, le général Pierre de Bénouville. Il s'agissait d'une prise de contact afin de que les deux hommes puissent se jauger. Une seconde rencontre aurait eu lieu entre les deux tours. Cette fois, Charles Pasqua est l'intermédiaire qui organise l'entrevue chez un ami armateur ^[8]. Cette fois-ci, Chirac a pris sa décision et fait preuve d'une "inflexible intransigeance" à la grande stupéfaction de Jean-Marie Le Pen ^[9]. Opposant une fin de non recevoir, Chirac aurait demandé au chef du Front National de ne pas lancer le moindre appel en sa faveur ^[10]. Lors de son allocution du 1^er mai 1988, Jean-Marie Le Pen ne pouvait plus que déclarer : « Pas une voix pour Mitterrand ! » laissant ses électeurs libres de choisir entre le vote blanc et le bulletin Chirac ^[11]. Depuis cette date, Jean-Marie Le Pen nourrit une rancune pour Jacques Chirac. Celui-ci affronte le Président sortant lors d'un débat télévisé rugueux, durant lequel François Mitterrand affirme « dans les yeux » qu'il n'était pas au courant des tractations pour libérer les otages.

Au soir du second tour de l'élection le 8 mai 1988, Jacques Chirac subit une défaite cuisante en n'obtenant que 45,98 % des voix.

Son camp est démoralisé, et sa femme va jusqu'à affirmer : « les Français n'aiment pas mon mari ». De nouveau dans l'opposition, il reste maire de Paris, réélu triomphalement en 1989 et travaille à se maintenir en tête de l'opposition. En 1991, il déclare qu'il est « absolument hostile au plan Delors tendant à instituer en Europe une monnaie unique ».

Passionné par les arts premiers tout comme par les Indiens d'Amérique, il écrit au roi d'Espagne pour expliquer son refus de participer aux commémorations en mémoire du génocide de ce peuple.

Face aux grandes difficultés du gouvernement de gauche, il participe à la campagne législative de 1993 qui voit la victoire écrasante de la droite. Échaudé par l'expérience précédente, il préfère rester en retrait et laisse Édouard Balladur devenir Premier ministre, formant ainsi la seconde cohabitation. L'accord tacite entre les deux hommes est simple : à Édouard Balladur Matignon, à Jacques Chirac l'Élysée en 1995.

Cependant Édouard Balladur, au vu de sa popularité, décide de se présenter aux élections présidentielles : les partisans du président du RPR crient à la trahison, d'autant que le Premier ministre entraîne avec lui une partie des élus dont Nicolas Sarkozy et Charles Pasqua. Philippe Seguin, un temps hésitant, se lance dans la bataille auprès du candidat « légitime » et devient avec Alain Juppé et Alain Madelin un des principaux soutiens de Jacques Chirac. Celui-ci entame une campagne dynamique et centrée sur le thème de la « fracture sociale ». Jacques Chirac réussit à devancer Édouard Balladur au premier tour, avant de remporter le second face à Lionel Jospin, candidat des socialistes, avec 52,64 % des voix : il devient président de la République.